Trước năm 1802, các chúa Nguyễn (và kể cả Nguyễn Ánh) tuy cai trị Đàng Trong độc lập nhưng trên danh nghĩa họ vẫn coi vua Lê là chính thống của nước Việt; ngay cả khi quân Thanh xâm lược, Nguyễn Ánh vẫn ủng hộ Lê Chiêu Thống như “chư hầu phò thiên tử”, mọi giấy tờ hành chính của Nguyễn Ánh cho đến ngày đánh bại Tây Sơn vẫn dùng niên hiệu Cảnh Hưng của nhà Lê. Một giáo sĩ người Pháp đang có mặt ở Việt Nam lúc bấy giờ là Ph. Sérard xác nhận trong một bức thư đề ngày ngày 5/8/1802: “Cho tới bấy giờ chúa Nguyễn vẫn công nhận họ Lê là dòng chính thống, hễ có làm việc gì cũng nhân danh nhà Lê và chỉ xưng là Tổng trấn; chiến đấu nhân danh vua Lê và cố gắng phục hưng vương tộc đã bị giặc Tây Sơn cướp hết quyền”[262]

Sau khi đánh bại Tây Sơn, việc phải xử trí với nhà Lê là một vấn đề hết sức khó xử đối với Nguyễn Ánh, bởi nếu lên ngôi vua thì ông ta sẽ mang tiếng là "phản nghịch, bề tôi cướp ngôi". Cuối cùng, Nguyễn Ánh vẫn quyết định lên ngôi hoàng đế. Ngày 5/1/1802, Nguyễn Ánh làm lễ tế trời đất để lên ngôi, đặt niên hiệu là Gia Long, ra chiếu tuyên cáo đế vị với thiên hạ: “Gần đây Tây Sơn nổi loạn, vận nhà Lê đã hết, hơn vài mươi năm trong nước không có chính thống… Nay ơn trời giúp đỡ, các thánh để phúc, bờ cõi cũ đã lấy lại, cơ nghiệp xưa đã trở về, các quan văn võ tại triều dâng sớ chương khuyên ta lên ngôi hoàng đế và đổi niên hiệu… Vậy nên chuẩn lời xin đặt niên hiệu mới, định lấy ngày mồng 1 tháng 5 năm nay (1802) kính cáo trời đất, ngày hôm sau kính cáo liệt thánh, chép niên hiệu là Gia Long, để thống nhất kỷ cương, làm mới tai mắt”[263]

Gia Long lên ngôi là nhờ chiến thắng sau cuộc nội chiến với nhà Tây Sơn chứ không phải bằng một chiến thắng chống giặc ngoại xâm lẫy lừng như các vương triều trước. Sự lên ngôi không đủ chính danh là một trở lực không nhỏ trong việc cai trị. Ở Bắc Hà, tư tưởng hoài Lê vẫn còn in đậm trong tâm tư của số đông dân chúng. Đặc biệt là trong đội ngũ sĩ phu, quan lại Bắc Hà khi lực lượng này vẫn xem nhà Lê là chính thống, còn họ Nguyễn chỉ là “phiên thần” của nhà Lê ở phương Nam. Trước kia, nhiều người Bắc Hà ủng hộ Nguyễn Ánh đánh nhà Tây Sơn vì họ mong rằng sau khi thắng trận, Nguyễn Ánh sẽ khôi phục ngôi vua cho nhà Lê (như tổ tiên của ông ta là Nguyễn Kim từng làm). Việc Gia Long lên ngôi khiến những người ủng hộ nhà Lê bị vỡ mộng, họ coi đó là hành vi tiếm ngôi của bọn loạn thần tặc tử. Tư tưởng “phò Lê” sẽ còn được dùng để kích thích các cuộc nổi dậy chống lại triều đình nhà Nguyễn ở miền bắc Việt Nam. Đây là một thách thức lớn cho nhà Nguyễn mãi tới mấy chục năm sau, như lời nhận xét của một người nước ngoài:

“Cách xử sự của nhà vua mới (vua Gia Long) đối với triều đại nhà Lê đã bị truất ngôi mà ông ta hứa phục hồi làm cho người Đàng Ngoài ghét bỏ ông ta. Thuế má nặng nề và sự nhũng nhiễu của quan lại càng làm tăng thêm sự bất bình đến cực độ; do đó đã hình thành nên nhiều phe phái đứng đầu là những hậu duệ của các triều đại cũ đã từng trị vì xứ Đàng Ngoài trước đây”[264]

Ở phía Nam thì nhiều người lại nhớ về nhà Tây Sơn. Hành động trả thù nhà Tây Sơn một cách thái quá của Nguyễn Ánh đã tạo ra những ấn tượng xấu. Gia Long đã không đủ rộng lượng để vượt qua được những hận thù của dòng họ để có một cái nhìn hướng đến “toàn cuộc”, nên không có những hành động nhân đạo dành cho những người đứng đầu triều Tây Sơn. Điều đó đã khiến lòng dân bị ảnh hưởng, nhất là ở những nơi mà người dân còn dành nhiều tình cảm cho nhà Tây Sơn như Bình Định. Nhiều cuộc khởi nghĩa do các cựu tướng lĩnh của triều Tây Sơn lãnh đạo đã nổ ra, đe dọa nghiêm trọng đến sự ổn định của đất nước.